千年之前，女娲补天后遗留的补天石碎片蕴含混沌之力，被封印于昆仑、蓬莱、归墟三处秘境。千年后，凡人过度开采灵气致使封印松动，混沌之力侵蚀三界，‘永夜之劫’降临，妖兽横行，仙界与人间陷入危机。大周边境孤儿凌苍，作为补天石碎片的化身，在妖兽屠村时觉醒混沌之力，被昆仑墟叛逃弟子玄璃救下。二人误入蓬莱岛，目睹九尾狐受上古凶兽‘饕餮’操控，以幻术蛊惑妖族献祭。东海龙王后裔敖光为夺蓬莱秘宝‘归墟镜’与主角团合作，镜中映出女娲补天的真相令其动摇。随后，九尾狐被饕餮反噬，蓬莱岛沉没，精卫为救众人召唤毕方鸟焚海，自身神魂开始消散。之后，主角团潜入昆仑墟盗取补天石地图，揭露守旧派长老与天庭勾结，以凡人城池为阵眼加固封印。玄璃通过‘窥天瞳’发现凌苍补全天道需牺牲魂魄，二人情感与使命冲突加剧。在昆仑墟‘登天梯’之战中，凌苍以混沌之力对抗雷劫，敖光化龙断角救场。最后，大周国师启动‘天机弩’轰击天庭，实则欲以三界生灵为祭重塑补天石，凌苍被迫与饕餮残魂融合对抗。精卫以神魂填补归墟裂缝，玄璃逆转符咒将‘窥天瞳’移植给凌苍，助其窥见第三条道路——粉碎补天石，以混沌重构三界法则，代价是神族永堕轮回。